O PROFNIT® opera por meio de uma Rede Nacional formada por Pontos Focais distribuídos em todo o território nacional, cobrindo todas as regiões do Brasil. Os Pontos Focais são Instituições de Ensino Superior (IES) que matriculam os alunos, emitem diplomas e se responsabilizam por toda a disciplina acadêmica.
As Instituições Associadas são organizações que disponibilizam docentes para atuar em um dos Pontos Focais do seu arranjo local.
- IFBA – Instituto Federal da Bahia
- IFCE – Instituto Federal do Ceará
- IFF – Instituto Federal Fluminense (com UENF)
- IFPA – Instituto Federal do Pará
- IFPB – Instituto Federal da Paraíba
- IFRO – Instituto Federal de Rondônia
- IFRS – Instituto Federal do Rio Grande do Sul
- UEA – Universidade do Estado do Amazonas
- UEM – Universidade Estadual de Maringá
- UEMG – Universidade do Estado de Minas Gerais
- UESC – Universidade Estadual de Santa Cruz
- UFAL – Universidade Federal de Alagoas
- UFAM – Universidade Federal do Amazonas
- UFBA – Universidade Federal da Bahia
- UFERSA – Universidade Federal Rural do Semi-Árido
- UFMA – Universidade Federal do Maranhão
- UFMT – Universidade Federal do Mato Grosso (com IFMT e UNEMAT)
- UFOB – Universidade Federal do Oeste da Bahia
- UFOPA – Universidade Federal do Oeste do Pará
- UFPE – Universidade Federal de Pernambuco
- UFPI – Universidade Federal do Piauí
- UFRB – Universidade Federal do Recôncavo Baiano
- UFPR – Universidade Federal do Paraná
- UFRJ – Universidade Federal do Rio de Janeiro
- UFRR – Universidade Federal de Roraima
- UFSC – Universidade Federal de Santa Catarina
- UFSJ – Universidade Federal de São João del-Rei
- UFT – Universidade Federal do Tocantins
- UNB – Universidade de Brasília
- UNICENTRO – Universidade Estadual do Centro-Oeste
- UNIFAP – Universidade Federal do Amapá
- UNIFESSPA – Universidade do Sul e Sudeste do Pará
- UNIVASF – Universidade Federal do Vale do São Francisco
Instituições Associadas
CEFET-RJ, EBMSP, IFMT, IFSC, IFSERTÃO-PE, INPI, INTA, UEPB, UESB, UEZO, UFAM, EMBRAPA/RR, FIOCRUZ/BA, PADETEC, UENF, UFSB, UFFS, UFRB, UFRRJ, UNEB, UNEMAT, UNIOESTE, UNIVASF, UNIVILLE and UTFPR.